Sejarah sekolah ini tidak dapat dipisahkan dengan sejarah berdirinya Yayasan Pendidikan Islam "45" Bekasi, yang didirikan pada tahun 1982, oleh dua orang pejabat petinggi wilayah kabupaten Bekasi, yaitu H. Abdul Fatah (sebagai Bupati Bekasi) dan K.H. Muhammad Arsyad Baedowi (Sebagai Ketua DPRD Kabupaten Bekasi) pada waktu itu.
Seperti halnya dengan latar belakang berdirinya YPI "45", maka pendirian SMP YPI "45" pun didorong oleh semangat untuk memajukan tingkat pendidikan di Bekasi yang pada umumnya saat itu masih memperhatinkan.
Pada awal berdirinya SMP YPI "45" Bekasi dipimpin oleh Bapak Drs. Didi Sudikar. Pada masa itu merupakan masa masayang penuh dengan perjuangan dan pengorbanan, hal ini sudah menjadi maklum bahwa sekolah yang baru berdirisudah tentu sarat dengan masalah, baik itu jumlah siswa yang kurang maupun masalah lainnya. Namun berkat kebersamaan antara pengelola sekolah dengan semua pihak, terutama pihak Yayasan, maka SMP YPI "45" menjadi salah satu sekolah swasta terfavorit di Bekasi dengan jumlah rombel 30 Kelas.
Kepemimpinan sekolah ini telah mengalami beberapa pergantianKepala Sekolah, berawal dari Bapak Drs. Didi Sudikar, kemudian oleh Bapak Ramadhan Kurdin, BA, Bapak Rohmanto Adha, Drs. O. Qomaruzzaini Mahrus, Drs. Moh Abdul Fatah, Drs, Agus KholiK M.Pd. Dan sekarang dipimpin oleh ibu Dra. Hj. Nur Fadhliyah M.Pd.
Sejak berdirinya, SMP YPI "45" Bekasi telah mengalami empat kali perubahan status akreditiasi dari status terdaftar, diakui, disamakan, sampai saat ini dengan Status Terakrediasi A. Untuk mencapai hal tersebut bukanlah suatu hal yang mudah, akan tetapi memerlukan usaha dan upaya yang sungguh-sungguh dan kerja keras dari para pengelola SMP IT YPI "45" Bekasi. Hal ini dikarenakan akreditasi memerlukan beberapa kriteria kelengkapan, baik dalam bidang Administrasi, siswa maupun sarana dan prasarana yang memadai.
Disamping perubahan status pada masa kepemimpinan Drs. Moh. Abdul Fatah, ada tambahan nama yaitu dari SMP YPI "45" Menjadi SMP IT YPI "45".
